Franjo Bučar je postao i prvim predsjednikom JOO-a, sve do 1927. godine. Tada je Odbor premješten u Beograd, ali je već 1932. ponovno vraćen u Zagreb. Nakon Drugog svjetskog rata (1948.) obnovljen je rad Jugoslavenskog olimpijskog odbora, pa su hrvatski olimpijci nastupali pod jugoslavenskom zastavom sve do uspostave samostalne hrvatske države i prvih olimpijskih nastupa pod vlastitom trobojnicom na ZOI i OI 1992. godine.